Aquel mismo año es aceptado en la Universidad Gregoriana de Roma, plantel del que egresa con el grado de Doctor en Filosofía, en 1929. Al año siguiente, influenciado por la espiritualidad de San Francisco de Asís, ingresa a la Orden de los Hermanos Menores Capuchinos, recibiendo su formación en Alemania e Italia.
Se ordena sacerdote en 1934 en Venecia. De regreso a Chile es enviado como misionero al Vicariato Apostólico de la Araucanía (hoy Diócesis de Villarrica). Tras ocho años de permanencia en Europa, se convirtió en el primer sacerdote capuchino de nuestro país. Cumplidos los festejos familiares y la celebración del nuevo sacerdote en su parroquia de “San Miguel” de La Cisterna, partió hacia el sur.
En 1935 inicia actividades como formador y profesor de Filosofía en el Seminario Mayor de San José de la Mariquina. Luego, en 1939, es designado vicario parroquial en la parroquia “Inmaculada Concepción” de Boroa, y director espiritual de la Congregación de las Hermanas Misioneras Catequistas de Boroa.
Fue párroco y misionero en Pucón entre los años 1943 y 1956.
Según el testimonio de la gente que lo conoció, la pobreza, la austeridad, la oración, la paz, la humildad y el amor a los más pobres eran sus grandes pasiones.
Las numerosas cruces que él pintó, testimonian su sentido artístico y su profunda admiración hacia Cristo Crucificado. Esta faceta creativa se ve plasmada, además, al levantar y tallar con sus manos el monumental “Cristo de Tromen”, en la frontera con Argentina en el paso de Tromen, que se bendijo el 26 de Febrero de 1950. Desde entonces es punto de encuentro de los dos pueblos hermanos, chileno y argentino. Esta cruz hoy es de concreto gracias a los moldes que sacara él mismo, mientras el original de madera está colocada a la entrada de la ciudad de Pucón, cerca del Hotel Antumalal.
En 1956 el Papa Pío XII le nombra obispo y le pide organizar la nueva Diócesis de Osorno. Su lema episcopal expresa todo su amor, entrega e intimidad para con Dios, lo que conlleva a su vez un gran fervor por servir a la Iglesia.
“Señor, tú sabes que te quiero” (Jn 21, 17)
Con encomiable devoción se entrega a esa misión. Busca sin descanso sacerdotes, religiosos y religiosas. Crea parroquias, establecimientos educacionales y funda un monasterio de vida contemplativa para las Hermanas Carmelitas Descalzas.
En 1977 consagra la actual Catedral de Osorno, con la presencia de muchos obispos chilenos. Esto luego que el anterior templo fuera destruido por el terremoto de 1960.
A los dos meses de celebrar su jubileo episcopal, los médicos descubren en él una enfermedad incurable. Monseñor Francisco, agradecido por el aviso de Dios, pide pasar sus últimos días con sus hermanos capuchinos en el Vicariato de la Araucanía, donde había comenzado su trabajo misionero.
En el momento de su muerte manifestó: “Ofrezco mi vida por el Papa, por la Iglesia, por la Diócesis de Osorno, por los pobres, por la paz entre Chile y Argentina y por el triunfo del amor”.
Entregó su vida en las manos de Dios el día 4 de enero de 1982, en el Hospital “San Francisco” de Pucón.
Sus restos reposan en la cripta del Templo Catedral “San Mateo”, de Osorno. El sepulcro es visitado por muchas personas que lo recuerdan y piden su intercesión.
En 1998 se inició el proceso para su beatificación en la Diócesis de Osorno, el que se encuentra actualmente en la Congregación para la Causa de los Santos en Roma.
"Felices los que no se escandalizan de mi" - Carta del Obispo de Osorno a sus Diocesanos, 1971
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